三国以后便是晋朝。开国的晋武帝敬天甚恭。
“先是太子司马衷愚钝，无法读书，奸臣贾充有女贾南风，又矮又胖，偏被一般佞臣说得如花似玉，晋武帝将她许给太子，待晋武帝见到贾女，颇悔，好在太子与贾妃相处甚欢，只好作罢。其后，晋武帝疑太子不聪，出题考他，刘渊[匈奴人，汉朝时赐刘姓]等一班奸臣替他作答，把晋武帝哄过。”
晋武帝驾崩，太子司马衷嗣位[也就十几岁]，是为晋惠帝，封皇后杨氏为皇太后，立贾妃为皇后。太后父杨骏主政。诸王不服，于是开始了八王之乱。同时匈奴、羯人[匈奴别部]、羌人、氐羌[羌人中的一支]，鲜卑五胡皆反。史称五胡乱华。
晋惠帝、晋怀帝、晋愍帝均死于非命，北方尽归蛮族。东晋开始，定都南京。
晋元帝为东晋开国之主。帝柴祭告天，极其谦恭。东晋的前几位皇帝尚能维持社稷，直至孝武帝开始信佛。“引僧、尼入宫，“(遂)僧尼乳母，竞进亲党，又受货赂，辄临官领众。帝得美女张氏，封为贵人，自此沉溺酒色，少理朝政，所有军国大事，尽委琅琊王(司马)道子办理。道子为孝武帝母弟[同母所生]。道子嗜酒渔色，僧尼日集门庭，秽慢阿尼[尼姑]，酒色是耽，甚至年轻乳母，貌俊家僮，俱得道子宠幸，表里为奸。一日，孝武帝醉，迫张贵人饮酒，贵人不胜酒力，拒饮，帝怒道：“汝年已将三十，亦当废黜了”。待帝入睡，张贵人命侍婢将帝闷死。享年三十五岁，位二十四年。
太子德宗即位，是为安帝。
“西僧鸠摩罗什，道行甚高，为后秦国师，及见关中通行诸佛书，多半错谬，乃召集沙门僧慧睿、僧肇等八百余人，传授奥旨，笔述经纶三百余卷。一日，鸠摩罗什对后秦主姚兴说：“有二小儿登我肩上，致生欲障，不得不求御妇人”。“(姚兴)拨遣宫女一人，使伴罗什住宿。罗什一与交媾，果生二子，嗣是不住僧房，别立廨舍。(姚)兴敬礼不衰，优加供给，更拨女使十名，为充服役。罗什得了众女，索性肉身说法，与结大欢喜缘”。
宋王刘裕杀晋安帝，假称安帝暴崩，且诈传遗诏，奉琅琊王司马德文嗣位，是为恭帝。一年后，中书令傅亮请恭帝禅让。恭帝顾语左右道：桓玄时晋已失国，亏得刘公恢复，又复重延，到今将二十年。今日禅位，也是甘心。”刘裕受禅，号为宋国。刘裕终不放心恭帝，半年后将他鸩杀。
晋朝亡，南北朝开始。
北朝以鲜卑拓跋氏的魏国为最大。魏太武帝[世祖]信奉道教，不信佛。“先是，长安沙门种麦寺内，御驺牧马于麦中，帝入观马。沙门饮从官酒，从官入其便室，见大有弓矢矛盾，出以奏闻。帝怒曰：「此非沙门所用，当与盖吴通谋，规害人耳！」命有司案诛一寺，阅其财产，大得酿酒具及州郡牧守富人所寄藏物，盖以万计。又为屈室，与贵室女私行淫乱。帝既忿沙门非法，浩时从行，因进其说。诏诛长安沙门，焚破佛像，敕留台下四方，令一依长安行事。又诏曰：「彼沙门者，假西戎虚诞，妄生妖孽，非所以一齐政化，布淳德于天下也。自王公已下，有私养沙门者，皆送官曹，不得隐匿。限今年二月十五日，过期不出，沙门身死，容止者诛一门。」”之后，佛教又在魏国复苏。
魏国灭亡后，鲜卑宇文氏的北周兴起。周武帝集群臣及沙门、道士等，帝升高座，辨释三教先后，以儒教为先，道教为次，佛教为后。丙子，初断佛、道二教，经像悉毁，罢沙门、道士，并令还民。并禁诸淫祀，礼典所不载者，尽除之。
“唐自高祖立老子庙，尊为太上玄元皇帝，后世子孙，奉为成例，待遇方士，无不加厚，所以道教尝盛行一时。此外又有佛教、祅教、摩尼教、景教、回教五种，佛教自汉迄唐，愈沿愈盛，唐太宗时，僧玄奘至西域取经，携归佛典六百五十余部，译成华文，辗转流传，徒侣日众。武宗以前，全国佛寺，多至四万余所，僧尼达四十万人。祅教由波斯国传入，敬火以表天神，亦称拜火教，唐初已盛行中国，朝廷为立祅正袚祝等官，管辖教徒。摩尼教就从祅教脱胎，参入佛教景教等旨，别成一派，相传为波斯人摩尼所创。其实摩尼二字，就是中国高僧的意义，由波斯传入回纥，更由回纥传入唐朝，京都内外，多建摩尼寺，凡回纥人留居中国，常借寺中栖宿。景教实耶稣教的一派，唐太宗时，波斯人阿罗本，赍经至长安，自称为景教徒，取教旨光华的意义。太宗为建波斯寺，至玄宗时，波斯为大食国所并，因改波斯寺为大秦寺，大秦即罗马国的变称，景教实发源罗马，所以易名存实。德宗时，长安大秦寺僧京静，曾建大秦景教流行中国碑，穷溯原委，颇称详明。至回教为摩罕默德创行，摩罕默德系阿剌比亚人[阿拉伯人]，参酌耶稣教及犹太教等，别成一教，广集教徒，征服异域，创成一大食国。大食即阿剌比亚，波斯人有此称呼，所以唐廷亦呼为大食。大食人来华互市，请诸唐廷，得在广东一带，建造会堂，广传教旨。这四种宗教，统是西洋输入，唐廷准他传布，不加禁止。独武宗专信道教，不准异教流行，凡国中所有大秦寺、摩尼寺，一并撤毁，斥逐回纥教徒，多半道死。京城女摩尼七十人，无从栖身，统皆自尽。景僧、祅僧二千余人，并放还俗。又令京都及东都，只准留佛寺二所，每寺留僧三十人，各道只留一寺，余皆毁去。僧尼勒令归俗，田产归官，寺材改葺公廨驿舍，铜像钟磬，熔作制钱，共计毁寺四千六百余区，及招提[有常住之寺]、兰若[佛徒静室]四万余间，还俗僧尼二十六万五百人，收良田数千万顷，奴婢十五万人。”
五代十国时期，后周世宗“敕天下寺院，非敕额者悉废之。禁私度僧尼，凡欲出家者必俟祖父母、父母、伯叔之命。惟两京、大名府、京兆府、青州听设戒坛。禁僧俗舍身、断手足、炼指、挂灯、带钳之类幻惑流俗者。令两京及诸州每岁造僧帐，有死亡、归俗，皆随时开落。是岁，天下寺院存者二千六百九十四，废者三万三百三十六，见僧四万二千四百四十四，尼一万八千七百五十六。”
明朝世宗信道教，‘自是道教盛行，佛教衰灭。巧值大兴隆寺被灾，御史诸演，揣摩上意，奏请顺天心，绝异端。夏言又请除禁中佛殿，原来明宫里面，有大服千善殿神佛，藏有金银佛像，及各种器具，相传系元代敕建，至明未毁。世宗得夏言奏章，即命偕武定侯郭勋，大学士李时，先去察视。言等奉命入殿，殿中所列，无非是铜铸的如来，金装的观音，以及罗汉、韦驮、弥勒佛等类，恰也习见不鲜，没甚奇异。及步入最后一殿，但见壁上的蜃灰，半成污垩，檐前的蛛网，所在纵横，殿门关得甚紧，兽环上面，衔看大锁，锁上所积尘垢，差不多有数寸厚。当问殿中住持，索取锁钥，住持谓中有怪异，不宜轻启。夏言怒叱道：“我等奉旨而来，怕甚么妖怪不妖怪？”住持不得已，呈上钥匙，哪知钥已生锈，插入锁心，仍然推启不动。夏言更命侍役击断大锁，启门入内。门内黝黑深邃，差不多似酆都城，各人鱼贯进殿。凝神细瞧，并不见有丈六金身，庄严佛像，只有无数的奇形鬼怪，与那漆鬓粉脸的女像，抱腰亲吻，含笑斗眉；最看不过去的，是有数男像及数女像，统是裸着身体，赤条条一丝不挂，彼此伏着地上，作那交媾情状。夏言不禁愤愤道：“佛门清净，乃有这等秽事么？”言毕，即与郭、李两人，一并出来，入廷复旨，直陈不讳，且请把所有的异像，瘗诸中野，不得渎留。世宗道：“既有这般邪移，应一律销毁，免得愚民无知，发掘供奉。”随即发遣工役，尽行拆毁，把各种支离偶像。一一销熔，共得一万三千余斤。还有金函玉匣，内贮佛首佛牙等，统共毁去。殿宇遗址，改筑慈庆、慈宁宫，奉两宫太后居住。”
清朝入关前是禁佛的，入关后见遍地寺庙，想禁也难，索性对佛教采取宽容态度。清朝诸帝在敬天方面是最循规蹈矩的，不与佛、道有任何瓜葛。